シーズン3の開始は2話連続です。

赤ちゃんだったイザベルがいきなり成長し、リリーは「健康な」老婦人（75歳相当）になった！当惑するリチャード。ほんとにこの人は悲しい受難の人生ですね。眉間にシワを寄せる演技がクロエのシワとはまたちがって観る者の同情を誘います。バーコフは2人を診断するが原因わからず。イザベルとリリーの変化は関係があると睨む。つまりイザベルがリリーの成長を奪っちゃったってことですか。じぶんのせいで母がこうなったとイザベルは悩む。

公聴会（というの？裁判みたいなヤツ）でライランドが自らの罪状をふてぶてしく告白する中、事件が起こる。かつてNTACの男達を狂わせたあの生還者が報道カメラマンを装って紛れ込んでおり、ライランドの弁護士をマインドコントロールし、ライランドを負傷させる。彼は一命をとりとめたが重傷。

NOVAグループと名乗る過激派組織が犯行声明文を出す。きたる10月19日に「なにかが起こる」という。そしてライランドの陰謀に関わった政府の要人たちが厳重な警備にもかかわらず次々と暗殺される。ニーナは、トムとダイアナのヘルプ役にある男を連れてくる。リーディング能力を持った元野球選手のゲイリー。彼はあの事件（2-03）以来、政府のスパイとなってたのですね。

トムとダイアナはNOVAグループの情報を求めてショーンに当たるが、彼は知らないという。だがじつは ... 。

マシューがボウズ頭で帰ってきたと思ったら、ショーンに隠れてゴニョゴニョ。元々彼はジョーダンに「私にもしものことがあればショーンを助けてやってくれ」といわれてやってきたというふれこみで、ショーンもその言葉を信じて仕事を任せていましたが、考えてみれば本当にジョーダンと仲良しだったかどうか誰もわからないわけで、もしかしたら裏があるのかも。イザベルにいきなりビンタをかますところなんか、暗黒街の男を感じさせます。あのエリート然とした風貌はウソなのかも。

マイヤは4400センターの小学校に通うことになった。4400センターと政府の関係は依然としてビミョーですが、バーコフが良い働きをしたおかげで、ダイアナとトムは前よりもずっと4400センターに信頼を寄せるようになってきました。ここにNOVAグループがひっかき回すとまたまたややこしいことになりそうですね。